52. הוועידה קובעת כי רופא מחויב, בראש ובראשונה, לטיפול איכותי במטופליו, וזאת על-פי צו מצפונו ועל-פי הקוד האתי והכללים שנקבעו על-ידי הלשכה לאתיקה, חוקי מדינת ישראל ואמנות בינלאומיות.
53. ועידת הר"י רואה בחומרה כל התערבות חיצונית ביחסי רופא-מטופל.
54. הוועידה רואה בדאגה רבה את התערבותם של גורמים כלכליים, מנהליים ואחרים באוטונומיה של הרופא, וקובעת כי האוטונומיה המקצועית של הרופא היא תנאי בסיסי לטיפול רפואי איכותי וחלק בלתי נפרד ממנו.
55. ועידת הר"י מתנגדת לכל ניסיון להתערב בשיקול דעת רפואי, לרבות בכל הקשור לפנייה למימוש זכויות רפואיות.
56. הוועידה קובעת, כי איכות הטיפול המקצועי אינה נמדדת על בסיס מדדים כלכליים, וכי אין להעריך את הרופא על-פי מדדים כאלה.
57. הוועידה מדגישה, כי התשתית לרפואה איכותית היא האמון ההדדי בין המטופל לרופא, ועל כן חובתו הראשונית של הרופא היא כלפי המטופל. הוועידה רואה בדאגה רבה את ניסיונותיהם של המעסיקים להפוך את מחויבותו של הרופא למטופליו משנית למחויבותו של הרופא למוסד הרפואי או למבטח.
58. הרופאים אחראים כלפי מטופליהם ((accountable, ולכן יש להעניק להם גם את סמכות ההחלטה לגבי הטיפול הרפואי המתאים. הוועידה רואה בשלילה את מעורבותם של גורמים שאינם מטפלים ישירות במטופל בשיקול הדעת הרפואי של הרופא המטפל, ומטילה על הוועד המרכזי לפעול לשמירה על עצמאות שיקול הדעת של הרופא. הוועידה מטילה על הוועד המרכזי ליישם החלטה זו בכל דרך הנראית לו, לרבות בקידום חקיקה.
59. הוועידה קובעת, כי הרופא המטפל הוא הקובע בעניין סוג הטיפול שלו זקוק המטופל, וזאת על סמך התרשמותו מהמטופל, שיקול דעתו המקצועי ורצונו להעניק למטופל את הטיפול הטוב ביותר האפשרי.
60. ועידת הר"י קוראת למסד בחוק את זכותו של הרופא להפנות מטופל לייעוץ או לטיפול על-פי שיקול דעתו המקצועי, לצורך מתן הטיפול המיטבי למטופל.
61. הוועידה קובעת, כי לנוכח המגמה הגוברת במערכת הבריאות לדחיקת שיקולים רפואיים בפני שיקולים כלכליים, חיוני כי בראש כל המערכות הרפואיות ובראש כל המדרגים הרפואיים - לרבות מנכ"ל משרד הבריאות, מנהלי בתי החולים, קופות החולים, המחוזות, הנפות והמנהלות - יעמדו רופאים.
62. הוועידה קובעת, כי מקצוע הרפואה הוא מקצוע המתפתח כל העת, המבוסס על מומחיות, מקצועיות והתמקצעות. על כן, היא רואה בדאגה את ניסיונות ההתערבות של המחוקק בקביעת הטיפול הרפואי הנכון.