בוועידת הר"י, הנערכת מדי ארבע שנים, נבחרים מוסדות הארגון על ידי צירי הוועידה. כמו-כן נקבעת מדיניות הארגון לשנים הבאות, ומאושרות אסטרטגיות הפעולה בתחומים השונים שהר"י מעורבת ומחויבת להם.
בוועידה נדונו נושאים מרכזיים העומדים על סדר יומה של הרפואה ומערכת הבריאות, כגון: התמודדות עם מחסור בכוח אדם רפואי, הכרסום באוטונומיה של הרופא, יחסי הגומלין בין תקשורת, רפואה, משפט וכנסת, רפואת הקהילה, הכלכלה מאחורי הבריאות.
הזמנה לוועידה