43. הוועידה הארצית מתכנסת אחת לארבע שנים במושב אחד או במספר מושבים. ההפסקה בין מושב למשנהו לא תימשך יותר משלושה חודשים. אם, מחמת סיבה כלשהי, אין באפשרותו של הוועד המרכזי לכנס את הוועידה במועד, ימשיכו הוועד המרכזי ומוסדות הר"י בפעילותם עד שתבוטל סיבה זו, ותתכנס ועידה ארצית חדשה. מועד הוועידה ומיקומה ייקבעו על-ידי המזכירות.
44. הוועידה הארצית דנה ומחליטה בכל הסוגיות הקשורות למדיניות הר"י ופעילותה, מאשררת את הפעולות וההחלטות של הוועד המרכזי, ואת כללי האתיקה הרפואית שנקבעו על-ידי הלשכה לאתיקה. החלטותיה מחייבות את כל חברי הר"י ומוסדותיה. היא רשאית לבטל את החלטות כל מוסדות הר"י, למעט החלטות מעין-שיפוטיות הנוגעות לפרט.
44.1 הוועידה הארצית דנה ומאשרת את הדו"חות שיוגשו בפניה, לרבות דו"חות כספיים ודו"ח הוועד המרכזי.
44.2 הוועידה הארצית קובעת את דרכי הפעולה של הר"י.
44.3 הוועידה הארצית בוחרת את מוסדות הר"י ואת בעלי התפקידים המנויים להלן: הוועד המרכזי, יו"ר הר"י, יו"ר בית הדין של הר"י וחבריו, יו"ר המועצה המדעית, הנשיאות, הוועד הפועל, המליאה, יו"ר ועדת הערר וחבריה, יו"ר הלשכה לאתיקה וחבריה, יו"ר הקרן לעזרה הדדית וחבריה, יו"ר מפעל חברות חוץ וחבריו.
45. הוועידה הארצית מורכבת מצירים הנבחרים על-ידי ארגוני הר"י, כמשמעם בתקנות 254-241 להלן. מספר הצירים הנבחרים לוועידה הארצית הוא לפי מדד של 1:60. כל עודף מספרי מעל 60, העולה על 30, מקנה זכות לציר נוסף.
46. הבחירות נערכות בפיקוח ועדת הבחירות, המונה חמישה חברים ונבחרת על-ידי הוועד המרכזי שבעה חודשים לפני מועד הוועידה הארצית. חברי ועדת הבחירות אינם יכולים לכהן בתפקיד ביצועי אחר בהר"י או בארגונים, ואף לא כצירי ועידה. יו"ר ועדת הבחירות ייבחר על-ידי חבריה. החלטות ועדת הבחירות יתקבלו ברוב קולות של המצביעים באותו עניין. במקרה של שוויון קולות, תהיה ליו"ר הוועדה זכות הכרעה.
47. התפטר חבר ועדת הבחירות, או נבצר ממנו למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, ייבחר חבר אחר תחתיו על-ידי המזכירות.
48. ועדת הבחירות קובעת, לא יאוחר משישה חודשים לפני כינוס הוועידה, את מספר הצירים אשר ישוגר על-ידי הארגונים לוועידה, על-פי ממוצע סכום מסי החבר החודשי ששילם כל ארגון להר"י ב-12 החודשים שקדמו למועד ההחלטה. על החלטת ועדת הבחירות רשאים הארגון הנוגע בדבר או גזבר הר"י או ארגון אחר לערער בפני היועץ המשפטי בתוך שבועיים מיום החלטת ועדת הבחירות. היועץ המשפטי ידון בערעור בתוך שבוע מיום קבלת הערעור, והחלטתו תהא סופית.
49. חברי הוועד המרכזי וחברי הוועד הפועל משתתפים כצירים בוועידה בזכויות מלאות, למעט מנכ"ל משרד הבריאות או נציגו, מנהל האגף למקצועות רפואיים במשרד הבריאות ונציג מנהלי בתי החולים.
50. הוועידה מתנהלת על-ידי נשיאות הוועידה, המוצעת על-ידי יו"ר הר"י מבין חבריה, ומאושרת על-ידי הוועידה. חבר נשיאות הוועידה אינו רשאי להיבחר לוועדה המתמדת, כמשמעותה בסעיף 51.2 להלן. נשיאות הוועידה פועלת על-פי כללי הנוהל שנקבעו בפרק י' לתקנון זה (להלן: "כללי הנוהל"). במקום שאין הוראה בכללי הנוהל, תפעל נשיאות הוועידה על-פי שיקול דעתה ובהכרעת רוב חבריה.
51. 51.1 ארבעה חודשים, לפחות, לפני כינוס הוועידה תקבע המזכירות את מספר חברי הוועדה המכינה, על-פי ממוצע נציגי הארגונים בוועד המרכזי היוצא וצירי הארגון בוועידה, בהתחשב במשקל היחסי שלהם. המזכירות תודיע לארגונים על מספר הנציגים שהם זכאים לשלוח לוועדה המכינה, לא יאוחר משלושה חודשים לפני מועד כינוס הוועידה. הארגונים יודיעו למזכירות את שמות נציגיהם שנבחרו לוועדה המכינה ואת רשימת השמות של ממלאי המקום, אשר ימלאו את מקומם אם ייבצר מאחד מהם למלא את תפקידו דרך קבע, ובלבד שיהיו אלה צירים לוועידה, לרבות אלו המכהנים כצירים מכוח תפקידם.
התפטר חבר הוועדה המכינה, או נבצר ממנו למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, ייכנס במקומו ממלא מקומו.
51.2 על הוועדה המכינה לעבד ולנסח הצעות שיועלו לדיון בוועידה, ולהעבירן לעיון לצירי הוועידה, לא יאוחר משבועיים לפני כינוס הוועידה.
עם כינוס הוועידה, תעמוד הוועדה המכינה לבחירתה כוועדה מתמדת. הוועידה רשאית לאשר את הוועדה המכינה כוועדה מתמדת, לערוך בה שינויים כפי שייראה לה, ובלבד שתתחשב בהחלטתה במשקל היחסי של הארגונים בוועדה המתמדת ובכלל צירי הוועידה.
51.3 צירי הוועידה רשאים להציע, עד שלושה ימים לפני כינוס הוועידה, שינויים בהצעות להחלטה או בתקנון הר"י שעובדו על-ידי הוועדה המכינה, או להגיש הצעות החלטה חדשות, ובלבד שלא תתקבל שום הצעה שלא נוסחה והוגשה בכתב.
51.4 סיימה הוועדה המתמדת לדון בנושא והחליטה לאשר את ההצעה, תעבירהּ לאישור הוועידה הארצית.
51.5 לא תובא לוועידה להצבעה הצעה שלא עברה תחילה את עיון הוועדה המתמדת. הצעה שהוגשה על-ידי ציר בוועידה או על-ידי קבוצת צירים, ולא קיבלה את תמיכתם של 30% לפחות מחברי הוועדה המתמדת, תורד מסדר היום ולא תובא להחלטת הוועידה. על הוועדה המתמדת לנמק את הסיבה לדחיית ההצעה. הצעות לבחירת נושאי תפקידים בהר"י, למעט יו"ר הר"י שייבחר כמפורט בתקנות 95-94 להלן, יובאו באמצעות הוועדה המתמדת בלבד.
הוועדה המכינה או הוועדה המתמדת, הכול לפי העניין, רשאיות, כדי להקל על עבודתן, לבחור מבין חבריהן או מבין צירי הוועידה ועדות משנה לכל עניין ודבר, ובלבד שכל ההצעות של ועדות המשנה יוחזרו לוועדה המתמדת לדיון ולניסוח.
52. לוועדה המתמדת סמכות שיורית לקבל כל החלטה הקשורה לוועידה הארצית.
53. 53.1 המזכירות תבחר בוועדת תקנון, הכוללת יו"ר + שישה חברים, וכן נציג המחלקה המשפטית של הר"י.
53.2 ועדת התקנון תרכז, תעבד ותנסח הצעות לשינוי בתקנון הר"י, אשר יעלו בין ועידה לוועידה.
53.3 אחת לשישה חודשים, תעביר הוועדה את כל ההצעות לשינויים לאישור הוועד המרכזי, בצירוף נימוקים.
53.4 כל שינוי אשר קיבל את אישור הוועד המרכזי יובא לאישור הוועידה.
54. במקרה שהוועידה הרגילה לא סיימה את הדיון בכל השאלות שעמדו על סדר היום, היא רשאית להחליט על עריכת מושב או מושבים נוספים, או להסמיך את הוועד המרכזי לדון ולהחליט בהן, ללא צורך בכינוס הוועידה.
55. הוועד המרכזי, על-פי החלטה שתתקבל ברוב יחסי של 70% מכלל החברים בישיבה, רשאי, בכל עת שימצא זאת לנכון, לכנס ועידה שלא מן המניין. לצורך כינוס מושבים נוספים או ועידות שלא מן המניין, משמשים צירי הוועידה הרגילה היוצאת כצירים לכל דבר ועניין, ובלבד שהצעה לכינוס, כאמור, תופיע בסדר היום של הוועד המרכזי.
56. סדר הדיונים במושב נוסף או בוועידה שלא מן המניין יהיה כבוועידה רגילה. ועידה שלא מן המניין רשאית להחליף את חברי נשיאות הוועידה או את חברי הוועדה המתמדת, הכול לפי ראות עיניה.
57. התפטר ציר או שנבצר ממנו למלא תפקידו מכל סיבה שהיא, או חדל לעבוד אצל המעסיק שמכוח ארגונו הוא ציר, יכהן במקומו, כציר, ממלא מקומו, המופיע ברשימה של הארגון שאליו השתייך הציר שחדל למלא תפקידו, ובלבד שישתייך לחטיבה שאליה השתייך הציר שחדל למלא את תפקידו. לא הופיע כזה ברשימה, ימנה הארגון ציר אחר במקום הציר כאמור.