הוועידה הארצית מתכנסת אחת לכארבע שנים במושב אחד או במספר מושבים. ההפסקה בין מושב למשנהו לא תימשך יותר משלושה חודשים.
הוועידה הארצית דנה ומאשרת את הדו"חות שיוגשו בפניה, לרבות דו"חות כספיים ודו"ח הוועד המרכזי.
הוועידה הארצית קובעת את דרכי הפעולה של הר"י.
הוועידה הארצית בוחרת את מוסדות הר"י ואת בעלי התפקידים המנויים להלן: הוועד המרכזי, יו"ר הר"י, יו"ר בית הדין של הר"י וחבריו, יו"ר המועצה המדעית, הנשיאות, הוועד הפועל, המליאה, יו"ר ועדת הערר וחבריה, יו"ר הלשכה לאתיקה וחבריה, יו"ר הקרן לעזרה הדדית וחבריה, יו"ר מפעל חברות חוץ וחבריו.
הוועידה הארצית דנה ומחליטה בכל הסוגיות הקשורות למדיניות הר"י ופעילותה, מאשררת את הפעולות וההחלטות של הוועד המרכזי, ואת כללי האתיקה הרפואית שנקבעו על-ידי הלשכה לאתיקה. החלטותיה מחייבות את כל חברי הר"י ומוסדותיה. היא רשאית לבטל את החלטות כל מוסדות הר"י, למעט החלטות מעין-שיפוטיות הנוגעות לפרט.