בחינת שלב ב' הינה בחינת סיום ההתמחות במקצועות הבסיס. הבחינה בוחנת יכולת ניתוח ופתרון בעיות קליניות, שיקול דעת, עצמאות מחשבתית, אינטגרציה וכושר החלטה. בבחינה יושם דגש על רגישות ומודעות לנושאים מוסריים ואתיים.
יו"ר ועדת הבחינה ידאג לקיום נאות והגון של בחינת שלב ב', בוחנים ימנעו ממתן חוות דעת בנוכחות הנבחן.
הבוחנים לא ישאלו את הנבחן לפרטיו האישיים, מקום עבודתו, שם מנהל המחלקה וכישלונות קודמים בבחינה.
יו"ר ועדת הבחינה וצוות הבוחנים מנועים מלהעביר מידע כלשהו לגורם מחוץ לוועדת הבחינה הספציפית וליו"ר ועדת הבחינה העליונה על מהלך הבחינה ועל הדיון המסכם, ולא יקיימו שיחות כלשהן עם הנבחן, עם מנהל מחלקתו או עם כל גורם אחר.
אין להקליט ו/או לצלם במהלך הבחינה. אם לאחר כשלון, יגיש הנבחן ערעור בו יעלה החשד כי הקליט את הבחינה, לא ייבדק ערעורו.