ככלל, הפסקה אינה מאושרת במהלך התמחות במקצוע-על, לרבות הפסקה לצורך תפקיד צבאי.
עם זאת, על פי החלטת הוועד הפועל של המועצה המדעית מיום 23 בינואר 2006, נקבע כי לאחר תשעה חודשי התמחות לפחות במקצוע-העל ניתן לבצע שתי הפסקות של שלושה חודשים כל אחת במחלקה של מקצוע הבסיס (פנימית, ילדים או כירורגיה כללית) וזאת באישור מראש של המועצה המדעית.
בקשות חריגות אחרות להפסקה/ות במהלך התמחות-על ניתן להפנות אל נציב פניות המתמחים, באמצעות פניה מקוונת לנציגת השירות האישית (בצירוף המסמכים הנלווים סרוקים). לבקשה יש לצרף מכתב תמיכה ממנהל המחלקה וצילום מפנקס ההתמחות חתום ומעודכן ליום הבקשה.
כמו כן, חופשת לידה של 14 שבועות במהלך ההתמחות תובא בחשבון חודשי ההתמחות ואין צורך להשלים תקופה זו. ניתן להכיר בחופשת לידה אחת בלבד.
