לחילופי מנהלים בראשות מחלקה/יחידה/מרפאה המוכרת להתמחות השפעה על המתמחים הנמצאים בזמן זה בהתמחות באותו גוף.
המועצה המדעית מייחסת משמעות רבה למכתב ההמלצה של מנהל המחלקה המציין כי המתמחה ראוי, לדעתו, לתואר מומחה. משמעות זו מחייבת כי המכתב ייכתב לאור היכרות מעמיקה של מנהל המחלקה עם המתמחה הנדון.
לאור זאת, קבעה המועצה את הנוהל הבא למכתב ההמלצה:
- מתמחה שביצע חצי שנת התמחות לפחות במחלקת האם בסופה של תקופת התמחותו תחת ניהולו הישיר של המנהל החדש, יגיש מכתב המלצה ממנהל המחלקה החדש
- מתמחה שביצע פחות מחצי שנת התמחות במחלקת האם בסופה של תקופת התמחותו תחת ניהולו הישיר של המנהל החדש, יגיש מכתב המלצה הן ממנהל המחלקה הקודם והן מן המנהל החדש.