פרופ' פרנקל אוטו נולד בבודפשט לאב רופא נוירולוג מוכר בשיטחו ובתחומו.
סיים לימודיו הבסיסיים בבית ספר יהודי חילוני בעל ציביון ציוני. זכה בפרס ראשון לאומי בכל הונגריה במטמטיקה.
למד רפואה בבית הספר לרפואה של בודפשט סיים בהצטיינות ב-1943. גורש למחנה ריכוז בור-מאוטהאוזן בתחילת 1944.
ניצל בעזרת פרטיזנים סרבים. לאחר השיחרור חזר לבודפשט.
החל התמחות ברפואה פנימית. בהיותו ציוני נלהב נשלח כנציג וציר לקונגרס הציוני בבאזל ב-1947.
עלה לארץ במסגרת עליית האקדמאים ב-1948 והוצב כרופא צבאי ב"דונולו" בהמשך עבד עם חולי פוליו בבית חולים פרדס כץ.
ב-1953 החל עבודתו כפנימאי בכיר במחלקתו של פרופ. הלר בתל השומר.
ב-1962 נשלח מטעם ה-WHO בשליחות לגאנה לארגון הטיפול ברפואה פנימית שם שהה כשנה.
לאחר השתלמות בת חצי שנה בלונדון חזר בשנת 1964 כמנהל מחלקה פנימית בתל השומר (ביתן 36).

תחום התעניינותו העיקרי היתה פרמקולוגיה קלינית.
עסק בהדרכת קבוצות רבות של סטודנטים לרפואה.
במהלך שנות הששים לקח חלק פעיל בהקמת החוג לרפואה פנימית בבית הספר לרפואה של אוניברסיטת ת"א.
השתתף בוועדות מיוחדות מטעם משרד הביטחון במכון ויצמן למדע.
בסוף שנות השבעים קיבל מינוי כפרופסור לרפואה פנימית וכיהן בתפקידו זה וכן בתפקידו כמנהל מחלקה עד שנת 1985 עם יציאתו לגמלאות.
עבד עוד שנתיים כיועץ פנימאי למחלקות הכירורגיות ובמקביל עבד וכיהן כיו"ר ועדות רפואיות במשרד הביטחון באגף השיקום עד פרישתו משם בשנת 1995.

פרופ' אוטו פרנקל היה ידוע כאדם חביב שקט צנוע במיוחד נחבא אל הכלים מנומס בעל יכולת לתת כבוד לאדם בהיותו אדם.
דמות של רופא ומנהל בעל נוכחות.
אדם בעל ידע רב.
בשיטחו מורה דגול.
מתכונותיו יש לציין את אהבת הארץ.
פרופ' פרנקל היה ציוני נלהב כל ימי חייו וראה במדינת ישראל את פסגת שאיפותיו שלו כמו של כל עם ישראל ותרם רבות למען המדינה בעבודתו כרופא ובמשרד הביטחון.
מאות סטודנטים לרפואה החלו צעדיהם הראשונים "בפנימית" במחלקתו.
פרופ' פרנקל היה "רופא מהדור הישן" מורה מייסד מוביל ומנהיג.

פרופ' פרנקל נפטר ב-12 במאי 2010 בגיל 91 לאחר מחלה קשה.