ד"ר יצחק שנקר נולד למשפחת רבנים ידועה, ששורשיה בפולין מאז 1591, בעיקר בקרקוב ובאושוויץ. יצחק שנקר סטה מהמסורת המשפחתית ופנה ללימודי רפואה, אותם השלים בביה"ס לרפואה היוקרתי בווינה. הוא התמחה הכירורגיה בבית החולים האוניברסיטאי של וינה. ערב מלחמת העולם הראשונה התגייס לצבא אוסטריה בדרגת סרן וקיבל כמה אותות הצטיינות כהוקרה על הצלת חיי פצועים.

בשנות ה-30 חזר לעיר הולדתו, קרקוב, וניהל את המחלקה הכירורגית בביה"ח היהודי בעיר. היה פעיל בחיים הציבוריים של הקהילה, כנשיא אגודת " מכבי" קרקוב וכנשיא "בני ברית", והיה מוכר היטב גם לתושבי העיר הלא יהודים, לאחר שניתח אנשי כנסייה ואנשי שלטון. ב-1929 נשא לאישה את אנה לבית גרשלר ולשניים נולדו שני ילדים: מרים ויוסף.

עם פרוץ מלחמת העולם השנייה גויס ד"ר שנקר לצבא הפולני כמנתח ראשי של החזית המזרחית. הפצצה הכבדה של הגרמנים על העיר פשמישל בגליציה הפרידה אותו מבני משפחתו. האישה אנה ושני ילדיה הקטנים הגיעו תחת הפצצה הכבדה לעיר לבוב. ד"ר שנקר עצמו היה בין ניצולי צבא פולין בחזית המזרחית, שהושמדו תוך 17 יום, אשר הצליחו לעבור לרומניה.

בחורף 1940 שיגרו הרוסים את הפליטים היהודים, ובהם משפחתו של ד"ר שנקר, לאזור הרי אורל, שם שכנו בלב יער. ד"ר שנקר, שהגיע עם שרידי הצבא הפולני לעיר צ'רנוביץ בבוקובינה, שהיתה כבר בשליטת בריה"מ, גויס לחיל האוויר של הצבא האדום בדרגת סא"ל, כמנתח ראשי. בין מנותחיו היה גם לורנטי בריה, הקומיסר הרוסי לענייני פנים, שנותח כמקרה דחוף בגלל דמם מהקיבה.

בתפקידו הצבאי התאפשר לד"ר שנקר לגלות את מקום בני משפחתו שהוגלו לסיביר ולהשיג את אישור השלטונות להעברתם לאוקראינה, כדי להביא לאיחוד המשפחה. מסע זה של הרעיה והילדים מסיביר לאוקראינה נקטע עם פלישת גרמניה הנאצית לבריה"מ בקיץ 1941. בשיטת מלחמת הבזק הצליחו הגרמנים להשתלט במהירות על אוקראינה. ד"ר שנקר נפל בשבי הגרמנית קצין רוסי וגם יהודי והועבר למחנה ריכוז בטראנסניסטריה. במחנה הקים מרפאה ובה חדר ניתוח פרימיטיבי והגיש סיוע רפואי לתושבי המחנה, יהודים ולא יהודים כאחד. עם שחרור המחנה על ידי הצבא האדום גויס ד"ר שנקר שוב כמנתח לצבא הרוסי. במהלך התקדמות של הצבא הרוסי מערבה נפגע המרשל קונייב, מפקד הארמיה השנייה, בצורה אנושה בראשו. ד"ר שנקר הוזעק לנתח אותו, מבלי שידע את מי ניתח והציל את חייו.
לימים, בשנת 1953, עמד המרשל קונייב בראש ההרכב השיפוטי במשפט הידוע לשמצה, "משפט הרופאים", שבו הואשמו רופאים יהודים בקשירת קשר לרצוח את יוסף סטאלין.
בחורף 1944 הצליח ד"ר שנקר להגיע באופן בלתי חוקי לחופי הארץ. הוא נשלח למחנה המעצר בעתלית. עם שחרורו פנה ד"ר שנקר לעבודתו הרפואית בפלסטין, הפעם כמנתח הראשי של ביה"ח הפולני של צבא אנדרס, שהיה ממוקם ליד מנזר רטיסבון בירושלים. מאוחר יותר עבר לתל אביב, שם עבד בפרקטיקה פרטית ובביה"ח אסותא. בנוסף עבד כמנתח בסניף הנמל של קופ"ח כללית. גויס ל"הגנה" והיה חלק ממערך השירות הרפואי שלה וחשאי הגיש עזרה כירורגית לפצועי המחתרות, אצ"ל ולח"י.

בכל אותה תקופה ניסה ד"ר שנקר להתאחד עם משפחתו, ששרדו את תקופת השואה. למאמצים אלה גייס את אשת ראש ממשלת בריטניה, קלמנטין צ'רצ'יל שהייתה בתפקיד של נשיאת הצלב האדום, שהצליחה לאתר את בני משפחתו בסיביר והעניקה לה אשרת כניסה, "סרטיפיקט" לפלסטין. בשלב זה בא לעזרתו המרשל קונייב, שבעזרתו, כגמול על הצלת חייו לקראת סיום המלחמה, הצליח ד"ר שנקר להתגבר על החוקים הנוקשים של בריה"מ, להעביר את בני משפחתו לפולין ומשם לפלשתינה (א"י). ב-1946 נפגשו בני המשפחה לראשונה בארץ, לאחר שבע שנות ניתוק.

בתקופת מאבק המחתרות נגד שלטונות המנדט, כאשר פצועי האצ"ל והלח"י לא זכו תמיד לקבל טיפול רפואי במוסדות הרפואה של היישוב המאורגן, התנדב ד"ר שנקר, יחד עם רופאים אחרים, להגיש טיפול רפואי לפצועי המחתרות. כאשר פתח האצ"ל באפריל 1948 בהתקפה על השכונה הערבית מנשייה ביפו. הוא הוצב ככירורג במערך הרפואי שהוקם בבי"ח פריד, בי"ח קטן ברחוב יהודה הלוי, בגבול ת"א-יפו. על תרומתו בקרב על כיבוש יפו זכה ד"ר שנקרב 'עיטור לוחמי המדינה' של הארגון הצבאי הלאומי.

עם הקמת של צה"ל במאי 1948, גויס ד"ר יצחק שנקר והוצב בתפקיד מפקד וכירורג ראשי של ביה"ח הצבאי מספר 7 בצפת, בירת הגליל. עם הכרזת המדינה הישוב היהודי בעיר, שמנה כ-1,500 נפש, היה נתון תחת עוצר, לאחר התקפה ערבית על עורקי התחבורה במרחב.
בית החולים היחיד באותם ימים היה ביה"ח "הדסה", מוסד לטיפול בחולי שחפת. היו בו כ-60 מיטות.כשהחלו ההכנות למבצע "יפתח" פונו חולי השחפת ובית החולים הפך להיות בית החולים צבאי שהגיש גם עזרה רפואית לתושבי העיר.

ביה"ח בצפת היה גדוש בפצועי הקרב על העיר, ביניהם לוחמי פלמ"ח רבים. הובאו לשם גם נפגעים מגדוד העמק של הפלמ"ח, בפיקודו של דן לנר, שכבשו את מלכיה ואת כל השטח שבין הכינרת לחולה. הצוות הרפואי הצבאי בראשותו של ד"ר יצחק שנקר, שנשלח מהמרכז לצפת, הקים בו חדר ניתוח ועשה ימים כלילות בניתוח הפצועים הקשים. עשרות פצועים נצלו הודות לטיפול זה.

ב-18 במאי 1948 הוזמן ד"ר שנקר לת"א לפגישה עם ד"ר שיבא, קצין הרפואה הראשי של צה"ל. באותו יום הפציץ חיל האוויר המצרי את ת"א. בטיסה נמוכה פגעו המטוסים המצריים באוטובוס קומתיים שחנה בתחנה המרכזית. עשרות אזרחים נפגעו. כשנודע לכירורג ד"ר מקס מרכוס, שהיה המנתח של פצועי המחתרות, כי ידידו, ד"ר שנקר, נמצא בעיר, הוא צירף אותו לצוות המנתחים של הפצועים בביה"ח "הדסה" ברחוב בלפור בת"א. רבים מהפצועים ניצלו, אך 42 איש קיפחו את חייהם בהתקפה אווירית זו.

ערב ההפוגה הראשונה ניסו הסורים להשתלט על אצבע הגליל. בשישה ביוני 1948 הם כבשו את משמר הירדן ולקחו את תושביה בשבי. עם תום ההפוגה הראשונה ניסה צה"ל לכבוש את משמר הירדן מידי הסורים. פצועי הקרבות המרים האלו פונו לביה"ח הצבאי מספר 7 בצפת, שהיה ביה"ח הראשון בחזית בצפון. ד"ר יצחק שנקר עתיר ניסיון בכירורגיה צבאית נקבע התקדים, שנמשך עד היום, לפיו מגישים שירותי הרפואה של צה"ל עזרה גם לנפגעי האויב, במהימנות ומסירות, כפי שמטפלים בפצועי צה"ל.

עד חודש אוקטובר 1948 הספיק ד"ר יצחק שנקר לנתח בביה"ח בצפת יותר מ-300 פצועים קשה. ב-13 באוקטובר 1948, ערב יום הכיפורים, בהיותו בשירות צה"ל, נפטר ד"ר יצחק שנקר ממחלה, שכנראה קיננה בגופו כתוצאה משנות הסבל, התלאות והנדודים שעבר. הוא נטמן בחלקה הצבאית בבית הקברות בנחלת-יצחק בת"א, ליד לוחמי אצ"ל, שאת חייהם לא הצליח להציל בקרב על כיבוש יפו. הוא השאיר אחריו אישה, אנה, ובן, יוסף. תרומתו לרפואה השפיעה על בנו יוסף, ועל נכדיו, ינון וערן, להמשיך בדרכו.

פעילותו של ד"ר שנקר במסגרת צה"ל הונצחה בלוח זיכרון מיוחד בכניסה לבניין הישן של ביה"ח בצפת. כמו כן הונצחו שמו ופועלו באתר הזיכרון של חיל הרפואה בכרמל, בבית ההגנה בת"א ,בסניפי ההסתדרות הרפואית ברחבי המדינה, בפארק הירקון בתל-אביב, ובלוח זיכרון על הבית ברחוב רופין 13 בתל-אביב שבמרפאתו הגיש עזרה רפואית ללוחמי מחתרות במלחמה להקמת מדינת ישראל.

תולדות חייו פורסמו בספר "יזכור – פרשיות חייהם ומותם של הנופלים במלחמת הקוממיות בישראל - 1955, ספר 'יזכור" בהוצאה של הסתדרות הרפואית בישראל, בספר - כיבוש יפו -1981, Jewish – Officers in The Polish Armed Forces ,1939-1945 רופאים של ארץ ישראל ,1948-1799 ועוד.