ביום ב', ה-3 באוקטובר 2011 התקיים דיון בלשכת נשיאת ביה"ד הארצי, נילי ארד, בבקשה שהגישה המדינה להוצאת צווי מניעה כנגד המתמחים התפטרים. לטענת המדינה מדובר בהתפטרות קולקטיבית אשר עולה לכדי צעדים ארגוניים שלא כדין.
בדיון השתתפו נציגי משרד הבריאות והאוצר, נציגי הר"י ונציגי הרופאים הצעירים.
בשעות הלילה 
התקבלה החלטת השופטת, לפיה מכתבי ההתפטרות של רופאי המדינה אשר היו אמורים להיכנס לתוקף, יושהו ל-48 שעות. במהלך פרק זמן זה הר"י והאוצר יקיימו הידברות במטרה למצוא פתרונות לבעיות שהמתמחים העלו.
הר"י תזמן לדיון את נציגי הרופאים הצעירים אשר יציגו עמדותיהם, וזאת בהמשך לדיונים שהתקיימו ביומיים האחרונים במשרד האוצר.
ביום 6.10 ידווחו הצדדים לביה"ד על התקדמות ההידברות.
הצדדים שומרים על טענותיהם לגופו של עניין, סביב שאלת חוקיות ההתפטרות.