ביום א' 4.9.11 פרסם בית הדין הארצי את 
פסק דינו בבקשת המדינה ושירותי בריאות כללית להוצאת צווי מניעה כנגד ההתפטרות הקולקטיבית של הרופאים המתמחים. הבקשות הוגשו כנגד עמותת מרש"ם בטענה שזו מעודדת פעילות בלתי חוקית של רופאים הנחזית לפעילות ארגון עובדים יציג, וכנגד הר"י בטענה שלא נוקטת צעדים כנגד הרופאים המתמחים ולא מפעילה כנגדם את מרותה הארגונית.
בית הדין קבע בפסק הדין כי התפטרות הרופאים אינה כדין, כי בין הרופאים המתמחים לבין בתי החולים בהם הם מועסקים ממשיכים להתקיים יחסי עובד ומעביד, וכי נוכח המשך קיומם של יחסי עובד מעביד, ומשלא פסקו ומשלא בוטלו יחסים אלה, על כלל הרופאים במערכת הבריאות, לרבות הרופאים המתמחים והרופאים הצעירים החתומים על מכתבי ההתפטרות להתייצב לעבודתם היום 4.9.2011 ולהמשיך בעבודתם כסדרה וכהלכתה.
על-פי פסק הדין אי התייצבות לעבודה כאמור, מהווה נטישה בלתי מאושרת של העובדים את מקום עבודת, על כל ההשלכות הנובעות מכך.
הדיון ביום ה' 1.9.11, בראשות נשיאת בית הדין הארצי, השופטת נילי ארד, התקיים במשך שעות רבות וגלש אל תוך הלילה. בתחילה טענו כנגד המתמחים באי כוח המדינה ושירותי בריאות כללית אשר סברו, בין היתר, כי מדובר באקט פיטורין קולקטיבי וכי מדובר ב"שביתה בתחפושת" לאחר מכן טענה עו"ד אורנה לין בשם הר"י שציינה, בין היתר, כי לאור הנסיבות הקיימות במקרה זה סביר שמדובר בפעולה קיבוצית מתואמת. באי כוחה של עמותת מרש"ם טענו כי ההתפטרות הנה אישית ולא קיבוצית וכי קיים תוקף משפטי לאקט הפיטורים.
לאחר שניתנה הפסקה לצדדים בניסיון שלא צלח להגיע להבנות, הודיע הרכב השופטים כי ייתן את פסק הדין במהלך סוף השבוע. פסק הדין פורסם כאמור הבוקר.