131. המועצה המדעית היא גוף של הר"י, הפועל בשטח המדעי. המועצה המדעית מופקדת על-פי חוק על התמחות הרופאים במדינת ישראל. המועצה המדעית שומרת על הרמה הגבוהה של מקצוע הרפואה, בין היתר על-ידי:
131.1 דאגה להתמחות מלאה וברמה נאותה בכל אחד מענפי הרפואה, וקביעת מסלולי התמחות (סילבוס) מתאימים ועריכת בחינות התמחות;
131.2 הכרה ובקרה במחלקות, במרפאות וביחידות המוכרות להתמחות;
131.3 הענקת הכרה וביצוע בקרה בתוכניות השתלמות ולימודי המשך של חברי הר"י;
131.4 ייצוג הר"י בעניינים חינוכיים ומדעיים כלפי המוסדות החינוכיים, האקדמיים והרפואיים בארץ ובחו"ל.
132. המועצה המדעית פועלת, בין השאר, באמצעות הוועדות הבאות, המופקדות על נושאים, כמפורט להלן:
132.1 ועדת התמחות, האחראית על קביעת מסלולים וסילבוס התמחות, השתלמויות עמיתים וקביעת קריטריונים להכרה במקצוע חדש להתמחות;
132.2 ועדת בחינות, האחראית למערך הבחינות של ההתמחויות במקצועות בסיס ובמקצועות-על ולבחינות נוספות, שייקבעו על-ידי המועצה המדעית או הר"י שהם בתחום פעילותה של המועצה המדעית;
132.3 ועדת הכרה וביקורת, האחראית על הכרה במחלקות, במכונים, במרפאות וביחידות במוסדות הרפואיים, לצורך מתן התמחות והשתלמות עמיתים;
132.4 ועדות מקצועיות, העוסקות בהערכת מסלול ההתמחות האישי: כשירות הרופא לקבלת המלצה לתואר מומחה ודרישות להשלמת התמחות או בחינות;
132.5 ועדת חינוך, העוסקת בהכרה בתוכניות לימודי המשך ברפואה, בקביעת קריטריונים לניקוד התוכניות, ובהכרה בנקודות זכות המגיעות לרופא בגין השתלמויות;
132.6 ועדת מדעי יסוד, המאשרת רוטציות של חצי שנה במדעי יסוד במסגרת התמחות.
133. נוהל עבודת הוועדות יהיה כמפורט בתוספת ב' לתקנון.
134. כל נושא הקשור למועצה המדעית שאינו מוסדר בתקנות 134-131 יתנהל על-פי הקבוע בתוספת ב' לתקנון.
135. חברי מוסדות המועצה המדעית - הנשיאות, הוועד פועל, ועדת הערר - נבחרים על-ידי הוועידה הארצית של הר"י. הוועידה בוחרת ביו"ר המועצה המדעית ובסגניו, המהווים את נשיאות המועצה המדעית.
136. יו"ר המועצה המדעית וחברי מוסדותיה נבחרים לתקופת כהונה של ארבע שנים או עד לוועידת הר"י הבאה.
137. תקופת כהונה של נושאי תפקידים, בין שנבחרו בוועידה ובין שנבחרו על-ידי הוועד הפועל, תוגבל ולא תימשך יותר משלוש תקופות כהונה רצופות.