הבחירות נערכות בפיקוח ועדת הבחירות, המונה חמישה חברים ונבחרת על-ידי וועד המרכזי שבעה חודשים לפני מועד הוועידה הארצית. חברי ועדת הבחירות אינם יכולים לכהן בתפקיד ביצועי אחר בהר"י או בארגונים, ואף לא כצירי ועידה. יו"ר ועדת הבחירות ייבחר על-ידי חבריה. החלטות ועדת הבחירות תתקבלנה ברוב קולות של המצביעים באותו עניין. במקרה של שוויון קולות, תהיה ליו"ר הוועדה זכות הכרעה.
ועדת הבחירות קובעת, לא יאוחר משישה חודשים לפני כינוס הוועידה, את מספר הצירים אשר ישוגר על-ידי הארגונים לוועידה, על-פי ממוצע סכום מסי החבר החודשי ששילם כל ארגון להר"י ב-12 החודשים שקדמו למועד ההחלטה. על החלטת ועדת הבחירות רשאי הארגון הנוגע בדבר או גזבר הר"י או ארגון אחר לערער בפני בית-הדין של הר"י בתוך שבועיים מיום החלטת ועדת הבחירות. בית-הדין של הר"י ידון בערעור בתוך חודש מיום קבלת הערעור, והחלטתו תהא סופית.
חברי ועדת הבחירות לוועידה ה ה-44 הינם: פרופ' רון אוסלנדר (יו"ר), ד"ר סמי גדליה, ד"ר אברהם ויסמן, ד"ר מיכל קאופמן, ד"ר יוסף-יוליאן ליבוביץ.