137. הוועד הפועל נבחר על-ידי הוועידה הארצית.
138. יו"ר המועצה המדעית ישמש כיו"ר הוועד הפועל.
139. יו"ר המועצה המדעית יכנס את הוועד הפועל לא יאוחר מאשר חודש מתום הוועידה, ולאחר מכן - לא פחות מפעם בארבעה חודשים.
140. הוועד הפועל יהיה מורכב מרופאים שהם נציגי הגופים השונים, על-פי המפורט להלן, ובנוסף על אלה - חברי נשיאות המועצה המדעית וסגני יו"ר הר"י:
14 נציגי ארגון רופאי שירותי בריאות כללית;
9 נציגי ארגון רופאי המדינה;
10 נציגי האיגודים המדעיים;
2 נציגי הדסה;
1 נציג איכילוב;
2 נציגי המתמחים ו-2 ממלאי מקום שיוזמנו לכל הישיבות כמשקיפים ויוכלו להצביע רק בהיעדר נציגי המתמחים;
נציג מנהלי בתי החולים;
1 מנהל האגף למקצועות מיוחדים במשרד הבריאות;
2 נציגי בתי החולים ההיקפיים;
1 נציג הקופות הקטנות;
נציג הקהילה;
דיקן שייבחר על-ידי איגוד הדיקנים;
מנכ"ל משרד הבריאות או נציגו, ובלבד שיהיה רופא.
141. חברי הוועד הפועל המכהנים מתוקף תפקידם ישמשו כחברים כל עוד הם נושאים בתפקיד.
142. מניין חוקי לקיום ישיבת הוועד הפועל מהווה שליש מהחברים, ובהם היו"ר ו/או ממלא מקומו. במקרה שאין מניין חוקי, תתקיים הישיבה חצי שעה לאחר המועד שנקבע ותהיה חוקית בכל מניין של משתתפים.
143. על אף האמור בתקנה 142 141 לעיל, החלטות עקרוניות יתקבלו בנוכחות 50%, לפחות, מהמספר הכולל של חברי הוועד הפועל, וברוב של שני שלישים מהנוכחים. ועדה המורכבת מיו"ר המועצה המדעית, יו"ר הר"י, שני חברי נשיאות ויועץ משפטי תהיה מוסמכת להחליט אילו מן הנושאים ייחשבו עקרוניים.
144. תפקידו של הוועד הפועל לקבוע ולאשר את המדיניות הכוללת של המועצה המדעית, לקבל דיווח ולאשר את כל החלטות הנשיאות. הוועד הפועל יעסוק בליבון בעיות עקרוניות ובהעלאת נושאים בעלי אופי רחב, הנוגעים לפעילות המועצה המדעית וליחסי הגומלין שלה עם גופים שונים בתוך הר"י ומחוצה לה, בעיקר בנושאים הקשורים להתמחות. הוועד הפועל יפעל על-פי נוהלי העבודה המפורטים בתוספת ב' לתקנון.
145. חברי הוועד הפועל משתתפים בוועידה הארצית כצירים בזכויות מלאות.
146. במקרה של התפטרות חבר הוועד הפועל, או שנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, רשאי הוועד הפועל לצרף חבר אחר במקומו, לפי החלטת הארגון שאליו משתייך החבר.
147. התפטרות חבר הוועד הפועל במהלך שלושה חודשים לפני הוועידה לא תאפשר לצרף חבר אחר לוועד הפועל המשתייך לארגון אליו השתייך החבר שהתפטר.
148. הוועד הפועל וּועדות המועצה המדעית יקיימו קשר הדוק עם האיגודים המדעיים. בשאלות הנוגעות לאיגוד מדעי, ייוועץ הוועד הפועל עם האיגוד המדעי הנוגע בדבר בטרם יקבל החלטה בעניין. לא נראתה לאיגוד מדעי החלטה הנוגעת לו, רשאי הוא לערער עליה בפני המליאה בית הדין של הר"י בתוך 90 ימים מיום קבלת ההחלטה, והחלטת המליאה תהיה סופית. אין הערעור על ההחלטה משחרר את האיגוד המדעי מלציית לה עד להחלטה בערעורו.
149. לא תתקבל באיגודים המדעיים ובחברות המדעיות החלטה סותרת או שאינה מתיישבת עם החלטות הוועד הפועל, וכל החלטה כזו בטלה מעיקרה.
150. חברי הוועד הפועל ייבחרו לקדנציה של ארבע שנים או מוועידה לוועידה. כהונתם של חברי הוועד הפועל לא תימשך יותר משלוש קדנציות רצופות. במניין הקדנציות בוועד הפועל לא תובא בחשבון תקופה שבה כיהן בו נושא משרה מתוקף תפקידו בנשיאות או כסגן יו"ר הר"י או כיו"ר הר"י.
151. נתגלעה מחלוקת בין נשיאות המועצה המדעית לבין הוועד הפועל, וקבעו נשיאות המועצה המדעית, או הוועד הפועל – הכול לפי העניין – ברוב יחסי של 70%, כי ההכרעה שבמחלוקת היא שאלה של אמון, יכנס יו"ר הר"י את מליאת המועצה המדעית, וזו תכריע במחלוקת ברוב יחסי של 70% מחברי מליאת המועצה המדעית; ובלבד שנושא המחלוקת יופיע בסדר היום שיישלח לחברים מראש ובזמן סביר. לא נכחו בישיבה לפחות 70% מחברי המועצה, יכנס יו"ר הר"י ישיבה נוספת בתוך זמן סביר, ובציון הנושא שעל סדר היום, ובה יידרש להחלטה רוב מיוחד של 70%, לפחות, מהנוכחים בישיבה.
152. נתקבלה דעת הוועד הפועל, יתפטרו חברי נשיאות המועצה המדעית מתפקידיהם במועצה המדעית, וממלא מקום יו"ר המועצה המדעית יכהן בתפקיד היו"ר עד לכינוס ועידה שלא מן המניין. ועידה שלא מן המניין תכונס בתוך חודשיים לכל המאוחר ממועד ההתפטרות, כאמור, לצורך בחירת יו"ר וחברי נשיאות אחרים למועצה המדעית. הנשיאות שתיבחר, כאמור, תכהן עד לתום תקופת הכהונה היעודה של קודמתה.