153. נשיאות המועצה המדעית תורכב מיו"ר המועצה המדעית, אשר ישמש כיו"ר הנשיאות, יו"ר הר"י וחמישה סגנים, עם אפשרות לתוספת של שני סגנים, לפי החלטת הוועידה. יו"ר המועצה המדעית יהיה פרופסור מן המניין, וסגניו יהיו בעלי תואר פרופסור באחת האוניברסיטאות בארץ, לרבות במסלול הקליני, בעלי תואר מומחה ובעלי מוניטין ברפואה. הסגנים ו/או ממלא מקום יו"ר המועצה המדעית ישמשו כיושבי-ראש הוועדות הבאות: התמחות, בחינות, הכרה וביקורת וחינוך. בנשיאות ישמשו כמשקיפים נציב פניות המתמחים והיועץ המשפטי של הר"י.
154. תפקידי הנשיאות יהיו, בין השאר:
154.1 ביצוע מדיניות הוועד הפועל;
154.2 תיאום בין הוועדות השונות של המועצה המדעית ודיון בנושאים ובבעיות המתעוררים במסגרת פעילות השוטפת של הוועדות;
154.3 דיון והחלטות בנושאים שוטפים, כגון זכאות לגשת לבחינה, קבלת פטור, נושאים שבהם יש לנשיאות סמכות הכרעה ונושאים הדורשים הכרעה מיידית; הכול כמפורט בתוספת ב' לתקנון.
155. החלטות הנשיאות יתקבלו ברוב יחסי.
156. הנשיאות תגיש דו"ח חצי-שנתי לוועד הפועל.
157. התפטר חבר נשיאות, או נבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, יכונס מוסד משותף, נשיאות-מזכירות, כמפורט בתקנה 159 להלן, אשר ימליץ על יו"ר או על חבר חדש מתוך הוועד הפועל. ההמלצה תאושר על-ידי הוועד הפועל ברוב של 70% מכלל חברי הוועד הפועל. עד לבחירת יו"ר חדש, יכהן כיו"ר בפועל ממלא מקומו הקבוע של היו"ר.