בית הדין של הר"י דן בסכסוכים שבין מוסד הר"י לבין חבר או בסכסוכים שבין מוסד למוסד בהר"י. עוד דן בית הדין בסכסוכים או בהאשמות בעלי אופי אישי מצד חבר הר"י נגד עמיתו, העומדים בזיקה למקצוע הרפואה, ובסכסוכים שבין חברי הר"י לבין מוסדות ואנשים שמחוצה לה והעומדים בזיקה למקצוע הרפואה.
לבית הדין בתקנון הר"י
בית הדין של הר"י שנבחר בוועידת הר"י ה-43 (מאי 2018):
יו"ר בית הדין:
פרופ' רכס אבינעם, בי"ח הדסה עין כרם
חברי בית הדין – 14 חברים
- ד"ר טטיאנה ברון
- פרופ' דן גילון
- ד"ר עדי גלעד
- ד"ר נמרוד גריסרו
- ד"ר אסתר גרנט
- ד"ר עמנואל הראל
- ד"ר עודד ופסי
- ד"ר ג'פרי לדרר
- פרופ' אלון מוזס
- פרופ' ראובן פורת
- פרופ' שבח פרידלר
- פרופ' יונה קוסאשוילי
- ד"ר מוטי קליין
- ד"ר ברנרדיני שוורצנברג