הבחירות בוועידה נערכות בפיקוח ועדת בחירות, המונה חמישה חברים ונבחרת על ידי הוועד המרכזי שבעה חודשים לפני מועד הוועידה הארצית. חברי ועדת הבחירות אינם יכולים לכהן בתפקיד ביצועי אחר בהר"י או בארגונים ואף לא כצירי הוועידה. יו"ר ועדת הבחירות נבחר על ידי חבריה. החלטות ועדת בחירות מתקבלות ברוב קולות של המצביעים באותו עניין. במקרה של שוויון קולות, יש ליו"ר הוועדה זכות הכרעה.
חברי ועדת הבחירות לוועידה ה-43 הינם: פרופ' רון אוסלנדר - יו"ר, ד"ר מרדכי איזקוביץ, ד"ר אברהם וייסמן, ד"ר מיכל קאופמן, ד"ר יוסף-יוליאן ליבוביץ.