אמון הקהילה הרפואית בפרט והציבור הרחב בכלל באמיתות המחקר הרפואי מחייב שקיפות וידיעה ברורה כי המידע המתפרסם הוא חופשי מכל הטיה גלויה או סמויה וכי אלו שביצעו את אותו מחקר היו חופשיים מכל ניגוד אינטרסים.
ניגוד אינטרסים מתקיים כאשר ל"מחבר" המאמר, למוסד שבו הוא עובד או ל"סוקר" המאמר יש אינטרסים אישיים העלולים להשפיע על תוצאות עבודתו המדעית. ניגוד אינטרסים כזה עלול להתקיים גם כאשר ה"מחבר" או ה"סוקר" סבורים כי אין בניגוד זה כדי להשפיע על יכולת השיפוט המדעי שלהם.
יחסי גומלין כספיים הם הסיבה העיקרית לניגוד אינטרסים במחקר הרפואי. בקבוצה זו ניתן לזהות יחסי עובד-מעסיק במיוחד במקרה של חברת תרופות או היי-טק, בעלות של מניות או ניירות ערך של חברה מסחרית לה יש עניין בתוצאות המחקר, קבלת "דמי ייעוץ" או תגמול כספי עבור הרצאות מוזמנות מטעם אותו גורם מסחרי המעורב במחקר וכיו"ב.
ניגוד אינטרסים יכול להתקיים גם בנסיבות אחרות, לרבות קיום יחסים אישיים עם חוקרים אחרים, תחרות אקדמית ומעורבות רגשית עזה במחקר.
היעדר יושר ושקיפות במידע הרפואי המתפרסם יביא בהכרח לאי-אמון כלפי החוקרים, כלפי העיתון המפרסם וכלפי הרפואה בכללותה.
לפיכך, על כל חוקר המפרסם מאמר רפואי לגלות ולחשוף ביושר ובמידה מלאה כל ניגוד עניינים אפשרי היכול להשפיע על שיקול דעתו. הנחיה זו מתקיימת במקביל גם לגבי סוקרים של מאמרים רפואיים וכותבי מאמרי מערכת בעיתונים הרפואיים.