يتم انتخاب سكرتارية النقابة الطبية خلال جلسة اللجنة المركزية الأولى بعد المؤتمر، إذ يتحدد في هذه الجلسة أعضاء السكرتارية وعددهم.
تشكيل السكرتارية:
يقف على رأس السكرتارية رئيس النقابة الطبية ونّوابه. رئيس اللجنة العلمية يكون عضوًا في السكرتارية. رئيس دائرة الاعضاء الخارجيين وأمين الصندوق ورئيس اللجنة المالية يكونون أعضاء مراقبين في السكرتارية. بوسع السكرتارية إضافة مراقبين آخرين إذا قررت ذلك. يتم إستدعاء رئيس لجنة الأخلاقيات للمشاركة بصفة دائمة في جلسات السكرتارية. كما وتنعقد جلسات السكرتارية وفقاً لقرار رئيس النقابة مرة واحدة كل شهر على الأقل.
عقد الجلسات وفحواها:
تنعقد جلسة السكرتارية بحضور مالا يقل عن ثُلث أعضائها، بمن فيهم الرئيس و/أو القائم بأعماله. في حال عدم إكتمال النصاب القانوني، يتم عقد الجلسة بعد نصف ساعة من موعدها المحدد وتكون جلسة قانونية بغض النظر عن عدد المشاركين فيها.
تُناقش السكرتارية أساليبها في العمل من حين لآخر ويحق لها تعيين لجان وتوكيلها للقيام بأعمال معينة في نطاق صلاحياتها.
الوظائف والصلاحيات:
تشمل وظائف السكرتارية ما يلي: تطبيق سياسة اللجنة المركزية وقراراتها واقتراح سياسات أخرى، بما فيه مقترحات لإدخال تغييرات على نظام النقابة والعمل كذراع تنفيذية للنقابة الطبية والمبادرة إلى أعمال تساهم في تطبيق أهداف النقابة الطبية ومواقفها ومراقبة اللجان والمؤسسات التي قامت هي بتعيينها.
من صلاحية السكرتارية أن تقوم بتنفيذ الأعمال التالية:
- قبول قرارات في موضوع السياسة والمواضيع الاقتصادية والتنظيمية وما إلى ذلك.
- المصادقة على الاتفاقيات الجماعية.
- الإعلان عن إضرابات قطرية ومحلية.
- مناقشة أمور مطروحة على طاولة البحث لدى رئيس النقابة ورفع توصيات إلى اللجنة المركزية.
- المصادقة على ميزانية النقابة.
- اتخاذ قرارات بشأن فروع النقابة.
- تحديد حزمة خدمات للنقابات العلمية.
- تقديم التقارير للجنة المركزية.
- تعيين لجنة مالية ورفاه.
- تعيين مراقب داخلي.
- عقد جلسات دورية لسماع المستجدات مع رئيس المجلس العلمي ورئيس مكتب الأخلاقيات ورئيس دائرة الاعضاء الخارجيين ، حيث يقدم هؤلاء تقارير عن أنشطتهم للسكرتارية.