اللجنة المركزية عبارة عن الهيئة الإدارية العليا في النقابة الطبية وتعتبر وكيلة النقابة الشرعية تجاه الخارج والداخل. يقوم رئيس النقابة بإدارة عمل اللجنة المركزية والسكرتارية ويدعو لعقد جلسات اللجنة المركزية والسكرتارية ويمثل أمام المؤسسات الطبية في البلاد والخارج بصفته وكيلاً للجنة. وظيفة اللجنة المركزية هي تحديد سياسة النقابة الطبية ومراقبة عمل السكرتارية والمصادقة على الأعمال.
تقوم اللجنة المركزية بالإشراف على مؤسسات النقابة وتوقع على الاتفاقيات والتسويات الجماعية وتعمل على تطبيق أهداف النقابة على النحو المذكور في أنظمتها.