בפרשת החולה במאמרנו נדונה הדילמה: אם יש לאסיר זכות לאוטונומיה? החולה הוא אסיר שנשפט לתקופת מאסר ארוכה, ועל כן עמד לקבל טיפולי רפואה משלימה לבעיותיו, תחת הטיפול המקובל. לדעתו הטיפול המקובל החמיר את מחלותיו ולעומת זאת הטיפול האלטרנטיבי היטיב את מצבו הבריאותי. במתקן המאסר הקודם, החולה האסיר לא ביקש ששירות בתי הסוהר ירכשו את תרופות הרפואה המשלימה. אלה סופקו לו על ידי משפחתו. במתקן המאסר הקודם, הותר לו ליטול תרופות אלה. לעומת זאת, במתקן המאסר שבו הוא כלוא כעת, מתנגדים הרופאים לכך. לפיכך תבע האסיר את שירות בתי הסוהר בבית המשפט המחוזי, בשבתו בכלא מעשיהו.
כיבוד האוטונומיה של החולה נחשב כיום לאחת מאושיות האתיקה הרפואית. זוהי זכותו של החולה להגדיר בעצמו את הערכים והמטרות שיקבעו את הטיפול בו יטופל. המכשיר היעיל ביותר לכך להשגת מטרה זו הוא ההסכמה מדעת. הסכמה מדעת מתייחסת להסכמת החולה לכל הפעילויות הרפואיות. טיפול רפואי שניתן ללא הסכמה מדעת הוא עבירה אתית וחוקית למעט במספר קטן של יוצאים מין הכלל. לפיכך על הרופא לכבד את החלטות החולה, גם אם הן נתפסות על ידו כ"גרועות" או "אי רציונאליות". כללי האתיקה אינם מחייבים רופא לטפל בחולה אם הטיפול שהלה רוצה עומד בסתירה למצפונו או לדעתו המקצועית. יחד עם זאת, הוא אינו רשאי לנטוש ולהפקיר אותו. בנסיבות אלה, על הרופא להפנות את המטופל לרופא אחר האמון על השיטה הרפואית שבה חפץ החולה.