המלצות "בוחרים בתבונה" בישראל נכתבו על ידי האיגודים המדעיים של הר"י, אשר מייצגים את הרופאים בישראל בתחומי המומחיות הרפואיים השונים. ההמלצות גובשו על ידי כל איגוד בתחומו, בתהליך מובנה, מבוסס ראיות מדעיות ובשיתוף כל הרופאים חברי האיגודים.
איגוד רופאי אף-אוזן-גרון וכירורגיה של ראש צוואר
האיגוד הישראלי לרפואת עיניים
האיגוד הישראלי לרפואת ילדים
האיגוד הישראלי לראומטולוגיה
איגוד ישראלי לגסטרואנטרולוגיה ומחלות כבד
האיגוד הנוירולוגי בישראל
האיגוד הישראלי לרפואת משפחה
איגוד ישראלי להמטולוגיה ולרפואת עירויים
איגוד ישראלי לנפרולוגיה ויתר לחץ דם
האיגוד הקרדיולוגי בישראל
החברה הישראלית לחקר הכבד
האיגוד הישראלי לרפואה פנימית
אגודה ישראלית לאנדוקרינולוגיה