ארגון המתמחים של הר"י הוקם לצורך טיפול באתגרים עימם מתמודדים המתמחים במהלך תקופת התמחותם.
הארגון מורכב מנציגי המתמחים בוועדי הרופאים, נציגי המתמחים באיגודים השונים ומנציג מכל בית חולים / מחוז בקהילה, שנבחר על ידי כלל הרופאים המתמחים, חברי הר"י, בבית החולים / מחוז בקהילה, בבחירות ישירות.
מטרות הארגון הינן קידום עניינם של המתמחים.
הארגון מסייע, בין היתר, בטיפול בפניות מתמחים ונציגיו הינם שותפים פעילים במוסדות הר"י השונים: מזכירות הר"י, מכון לאיכות ברפואה, מח"ח, ועד מרכזי, ועדת התמחות, ועד הפועל, ועדת הכרה, ועדת בחינות וכדומה.
חברי הארגון משתתפים גם בדיונים בכנסת ובמשרד הבריאות.
חברי הארגון