מעורבות הר"י בארגונים בין-לאומיים:
WMA - World Medical Association
ההסתדרות הרפואית העולמית היא ארגון א-פוליטי ועצמאי, הכולל 115 ארגונים, ומייצג מעל 10 מיליון רופאים. ה-WMA עושה מאמץ להבטיח את עבודתו העצמאית של הרופא ולקבוע ולקדם סטנדרטים גבוהים של אתיקה רפואית בעבודת הרופא בעזרת ניסוח ניירות עמדה והצהרת עמדותיו.
הר"י היא חברה פעילה בארגון ומשתתפת בקבוצות עבודה רבות. יו"ר ההסתדרות הרפואית, פרופ' ציון חגי הוא חבר מועצה של ה-WMA. ד"ר בלשר, יו"ר הר"י לשעבר, שימש כנשיא ההסתדרות הרפואית עולמית בשנת 2009 וכיו"ר המועצה בשנים 2003-2006, ופרופ' אידלמן, יו"ר הר"י הקודם, שימש כנשיא בשנת 2019.
במשך שנות חברותה בארגון, ההסתדרות הרפואית בישראל יזמה מסמכי מדיניות רבים. הר"י גם סייעה בעדכון הקוד האתי הרפואי הבינלאומי, העוסק בחובותיהם של הרופאים כלפי מטופלים וכלי קולגות, וכן השתתפה בניסוח ההצהרה על שיפור מתמיד של איכות הטיפול הרפואי.
עו"ד לאה ופנר, מזכ"ל הר"י ועו"ד מלכה בורו, ראש האגף למשפט ומדיניות ציבורית בהר"י הן יועצות בוועדת האתיקה הרפואית ובוועדה לעניינים סוציו-רפואיים. עו"ד ופנר חברה גם בוועדה למימון ותכנון. ב-2008 אירחה הר"י את הכנס השנתי של ה-WMA בתל-אביב, וב-2019 אירחה כנס משותף בנושא "הרופא ב-2030".
EFMA - European Forum of Medical Associations
הפורום האירופי של הסתדרויות רפואיות משמש גוף מקשר בין ארגון הבריאות העולמי (WHO) לבין הסתדרויות רפואיות של מדינות שונות. EFMA מייצג כ-60 הסתדרויות ו-10 ארגונים רפואיים בינלאומיים כצופים. עו"ד לאה ופנר, מזכ"ל הר"י, נבחרה כמזכירה כללית של הארגון באפריל 2007 והר"י משמשת כחברה בוועדה המקשרת.
הר"י סייעה בשינוי הקווים המנחים של הארגון, והציגה נושאים מגוונים כגון מדיה חברתית, אוטונומיה מקצועית ומערכת יחסים בין הרופאים ותעשיית התרופות וכן ניסחה כמה הצהרות, כולל מסמך העוסק בהבטחת שירותי בריאות בזמן עימות.
ב-2017 אירחה הר"י את פורום הארגון בהרצליה.
CPME - Standing Committee of European Doctors
הוועדה המתמדת של רופאים באירופה (CPME) הינו ארגון לקביעת מדיניות, המייצג 27 הסתדרויות רפואית לאומיות ו-9 ארגונים בינלאומיים. הר"י נמצאת במעמד של משקיפה מאז 2003 ומשתתפת במפגשים שנתיים וכן תורמת ומגיבה למסמכי מדיניות שמנפיק הארגון.
בנוסף, הר"י היא חברה פעילה בקבוצת עבודה בנושא eHealth. הר"י גם חברה פעילה בקבוצות עבודה בנושאים כגון סירוב מצפוני, אי שוויון בבריאות והזדקנות פעילה ובריאה.
UEMS - European Union of Medical Specialists
ארגון ה-UEMS מייצג יותר מ-50 דיסציפלינות רפואיות באמצעות גופים ומבנים שונים. הארגון יוצר מועצה אירופאית בשיתוף עם האגודה האירופית הרלוונטית, להגדרת סטנדרטים אירופיים של חינוך והכשרה רפואיים.
הר"י הצטרפה ל-UEMS במעמד משקיפה בשנת 2003 וב-2007 נהייתה חברה. פרופ' גדעון פרת, מ"מ יו"ר המועצה המדעית בהר"י מייצג את הר"י במועצת ה-UEMS ובפגישות ועד המנהל.
הר"י משתתפת במפגשים שנתיים וכן תורמת ומגיבה למסמכי מדיניות שמנפיק הארגון.