במקרים המצריכים בירור מעמיק יותר של הפרטים או הבהרת קשיים, מזמין נציב פניות המתמחים, את המתמחה לפגישה אישית. בפגישה כזו, מקשיב הנציב לבקשתו והסבריו/ה של המתמחה, וכן מסביר את ההשלכות של הבעיה או החריגה על מהלך ההתמחות ועל איכותה, מנקודת מבטה של המועצה המדעית. בהמשך, ממליץ הנציב על אופי הפתרון המתאים למצב לאור ניסיונו ונסיבות המקרה.
מתמחים ומתמחות המבקשים/ות להיוועץ בנציב בהתלבטויות במהלך התמחותם, למעט בנושא בחינות ההתמחות, רשאים/ות לבקש פגישה אישית עמו. לעתים, בהתאם לנסיבות, נערך ייעוץ טלפוני.