ככלל, הפסקה אינה מאושרת במהלך התמחות במקצוע-על, לרבות הפסקה לצורך תפקיד צבאי.
עם זאת, לאחר תשעה חודשי התמחות לפחות במקצוע-העל ניתן לבצע שתי הפסקות של שלושה חודשים כל אחת במחלקה של מקצוע הבסיס (פנימית, ילדים או כירורגיה כללית) וזאת באישור מראש של המועצה המדעית, על פי החלטת הוועד הפועל של המועצה המדעית מיום 23 בינואר 2006.