פנקס ההתמחות הוא מסמך שבו מתועד תהליך ההתמחות על כל סעיפיו, ובעצם מלווה את המתמחה מתחילת התהליך ועד סופו.
הפנקס בנוי כטבלה בה יש לתעד את תאריכי ההתחלה והסיום במחלקות בהן התקיימה ההתמחות (במקצוע הראשי, במקצועות המשנה, ברוטציות ובמדעי היסוד) ולהחתים, ליד תאריכים אלו, את מנהלי המחלקות, את יו"ר ועדת ההתמחות ואת הנהלת המוסד הרפואי.
הפנקס צריך להכיל גם את החופשות וההפסקות שנלקחו במהלך ההתמחות.
לקראת בחינת שלב א' ולקראת הגשת הבקשה לתואר מומחה, יחתמו יו"ר ועדת ההתמחות, ומנהל/ת המוסד הרפואי, בנספחים שבסוף הפנקס.