על פי תקנות הרופאים (אישור תואר מומחה ובחינות תשל"ג 1973), ההתמחות (במקצוע הראשי ובמקצועות המשנה) חייבת להתבצע במסגרת המוכרת על ידי הוועדה להכרה עליונה של המועצה המדעית.
הדרישה לביצוע התמחות במחלקה מוכרת תקפה למקצוע ההתמחות הראשי ("מחלקת אם") וכן לביצוע סבבי התמחות ("רוטציה").
הקריטריונים להכרה במחלקות לצורך ההתמחות נקבעים על ידי הוועדה להכרה עליונה של המועצה המדעית, בסיוע נציגי האיגודים, החברות והחוגים המדעיים.
חובת המתמחה היא לוודא כי כל חלק בהתמחות, הן במחלקת האם והן בתקופות הרוטציות השונות, מבוצע במחלקות מוכרות בלבד. תקופות התמחות שיבוצעו במחלקות שאינן מוכרות, לא יחושבו לצורך קיום דרישות ההתמחות.
מתחם איתור המחלקות מאפשר חיפוש של מחלקות ומסגרות התמחות, לפי מקצועות ולפי סוג ההכרה בהן.
ועדת הכרה עליונה של המועצה המדעית, גיבשה מספר סוגים של הכרה במחלקות, שנועדו לאפשר גם למחלקות שאינן עונות על כל הקריטריונים להכשיר מתמחים.
להלן סוגי ההכרה של המחלקות: