יושב ראש המועצה המדעית עומד בראש מוסדות המועצה המדעית: הנשיאות והוועד הפועל וקובע את סדר יומם. 

יו"ר המועצה המדעית יהיה בעל דרגת פרופסור מן המניין במסלול הרגיל או במסלול הקליני באחת האוניברסיטאות בארץ, בעל תואר מומחה ובעל מוניטין ברפואה. 

יו"ר המועצה המדעית יוצע על-ידי ועדת איתור, שהוקמה כקבוע בסעיף 158 לתקנון הר"י, לצורך גיבוש המלצה לקביעת יו"ר המועצה המדעית של הר"י.

חברי הוועדה כוללים את פרופ' לביא עופר, פרופ' עמיטל הווארד, פרופ' שוורצמן פסח. יו"ר הר"י והיועץ המשפטי יהיו משקיפים בוועדה, ללא זכות הצבעה.

התאריך האחרון להגשת מועמדות ליו"ר המועצה המדעית היה 28.2.2014. ארבעה רופאים הגישו מועמדות: פרופ יוסף מקורי, פרופ גדעון פרת, פרופ יורם שפירא ופרופ שלמה שניבאום. ועדת האיתור החלה בעבודתה.  

ועדת האיתור תגיש למזכירות הר"י את רשימת מועמדיה לתפקיד יו"ר המועצה המדעית, בצירוף המלצותיה ונימוקיה. המלצות אלה יהיו המרכיב המרכזי בשיקולי המזכירות, בבואה להמליץ על המועמד לתפקיד בפני הוועידה.