בחינות הן חלק בלתי נפרד מהליך ההתמחות הרפואית במדינת ישראל ולא ניתן לקבל תואר מומחה מבלי לעבור בחינות אלו. המועצה המדעית היא הגוף האחראי על הליך הכשרת הרופא, ועדת הבחינות העליונה על הבחינות. ועדות בחינה מקצועיות כפופות להחלטות מקצועיות של ועדת הבחינות העליונה.
בחינות ההתמחות נעשות בשני שלבים: שלב א' (בחינה בכתב) ושלב ב' (בחינה בעל פה). שינויים במתכונת בחינות שלב א', בבחינות שלב ב', ובהליך הערעורים על תוצאות הבחינה, נעשים לאחר הליכי חשיבה ובדיקה מעמיקים ובהנחיית אנשי מקצוע.
במהלך כהונתה של ועדת הבחינות העליונה הנוכחית נעשו מספר שינויים משמעותיים בבחינות שלב א', הכוללים: (1) הפחתת מספר השאלות במקצועות הכירורגיים; (2) איחוד שני חלקי הבחינה במקצועות כירורגיה כללית, אורולוגיה, כירורגיית כלי דם, כירורגיה פלסטית, וכירורגיית ילדים; (3) חשיפת השאלות לאחר הבחינה ושינוי הליך הערעור.
כמו כן, נעשו שינויים בחלק מהמקצועות בבחינות שלב ב', וזאת בהתאם לכללים הבאים: (1) שאיפה לריבוי תחנות בחינה; (2) שני בוחנים בתחנה; (3) תכנים מובנים ואחידים בכל תחנות המבחן, דהיינו, שאלות כתובות מראש; (4) הערכת הנבחנים על גבי טפסי הערכה מובנים; (5) מילוי טופס ההערכה על ידי כל אחד מהבוחנים, ללא התייעצות ביניהם; (6) חישוב ציונים אוטומטי על בסיס אחוז הנקודות שצבר הנבחן מתוך מקסימום הנקודות האפשרי; (7) החלטה מראש על ציון מעבר בכל מקצוע.
ועדת הבחינות העליונה של המועצה המדעית פועלת ותפעל כל העת לקיום בחינות מקצועיות, הוגנות, מהימנות ותקפות.