פיקוח ובקרה על מוסדות רפואיים הם חלק מהגדרת תפקידיו של משרד הבריאות. הסמכות לפיקוח מעוגנת ב"פקודת בריאות העם 1940". על-מנת ליישם את הוראות החוק, מופעל משנת 2003 על-ידי האגף לרפואה כללית במשרד הבריאות, תהליך מובנה לבקרות ורישוי של בתי-חולים כלליים ומירפאות כירורגיות פרטיות החייבות ברישוי.
המטרות היו יישום פקודת בריאות העם ופיקוח על רמת הפעילות בבתי-חולים כללים ובמירפאות כירורגיות פרטיות. מישוב המוסדות שנבדקו למען שיפור איכות הטיפול. רגולציה (הסדרה) ושינוי פעילויות המוגדרות ברישיון והמלצות לחידוש רישיון.
קודם לקיום הבקרות, פותחו באגף רפואה כללית 20 כלי בקרה בנושאי פעילות שונים. במהלך הבקרה נבדק כל תחום במשך 4-5 שעות על-ידי מומחה מטעם משרד הבריאות, בליווי האחראי על התחום במוסד הנבדק. בהמשך הועבר דוח מסכם להנהלות המוסדות שנבדקו. בכל דוח נדרשה התייחסות אל המימצאים הטעונים שיפור. במקביל הועברה המלצה לחידוש רישיון אל ראש האגף לרישוי מוסדות ומכשירים רפואיים במשרד הבריאות.
מיוני 2003 ועד יולי 2006 נערכו 91 בקרות מתוכננות ב-47 בתי-חולים כלליים, ציבוריים ופרטיים, וב-24 מירפאות כירורגיות פרטיות בישראל פעם אחת לפחות. רוב המוסדות שנבדקו נמצאו עומדים בדרישות וראויים להמשך פעילות. בשני בתי-חולים פרטיים במרכז הארץ, שתיפקודם הוערך ברמה נמוכה, ניתנו רישיונות קצרי מועד, וצוות הבקרים שב לבקר בהם 4 פעמים במהלך השנתיים האחרונות. תוצאות הבקרה במירפאות הכירורגיות הפרטיות היו נמוכות יחסית לבתי-החולים הציבוריים. מבין המירפאות הכירורגיות הפרטיות, אחת נדרשה להפסיק פעולות בהרדמה כללית ואחת נסגרה.
לסיכום, תוצאות הבקרות שנערכו היו בעיקרן איכותניות ומראש נקבע שלא ידורגו בסולם ציונים. בעתיד, על-מנת לשפר את התהליך ולאפשר "השוואה" שוויונית בין המוסדות, נדרש סולם השוואתי אחיד שיסתמך על מדדים שפותחו במהלך המחזור הראשון של הבקרות. על המיניסטריון לקבוע מדדים אלה כנהלים מחייבים, שיהווו בעתיד כלי פיקוח מדויק ומוסכם. פירסום מימצאים השוואתיים על-פי המדדים שייקבעו ייצר תנופה נוספת לשיפור איכות השירות והטיפול הרפואי בישראל.