נשיאות המועצה המדעית מבצעת את מדיניות הוועד הפועל, מתאמת בין הוועדות השונות של המועצה המדעית ודנה בנושאים ובבעיות המתעוררים במסגרת השוטפת של הוועדות ודורשים הכרעה מיידית.
הנשיאות דנה בנושאים עקרוניים ומגבשת המלצות המוגשות לדיון בוועד הפועל.
בראש הנשיאות עומד יו"ר המועצה המדעית ולצידו מכהנים בה ממלא מקומו, סגניו האמונים על ועדות המועצה המדעית וכן יו"ר הר"י. יו"ר המועצה עצמו הינו פרופסור מן המניין וסגניו הינם רופאים מומחים בעלי תואר פרופסור באחת מן האוניברסיטאות בארץ ובעלי מוניטין ברפואה.
נשיאות המועצה המדעית שנבחרה בוועידה ה-44 של הר"י במרס 2023
יו"ר המועצה המדעית (רוטציה)
יו"ר: פרופ' חנוך קשתן – ארק"ח בתי"ח, בי"ח בלינסון,
יו"ר: פרופ' ענתבי אייל - אר"מ, בי"ח ברזילי
פרופ' ציון חגי – יו"ר הר"י
פרופ' אלישר רון, הדסה
פרופ' אולמן יהודה, אר"מ – בי"ח רמב"ם
פרופ' בירקנפלד שלמה, ארק"ח קהילה – מחוז ת"א יפו
פרופ' חדאד ריאד, ארק"ח בתי"ח – בי"ח כרמל
פרופ' לוין ישי, איכילוב
פרופ' שינוול אריק, אר"מ – בי"ח זיו
פרופ' שני מיכל, ארק"ח קהילה – מחוז ירושלים
משתתפים נוספים בישיבות:
פרופ' שאול יציב – נציב פניות המתמחים
עו"ד לאה ופנר – מזכ"ל הר"י
עו"ד מלכה בורו – מנהלת המחלקה המשפטית של הר"י
גב' אפרת בן אברהם– מנהלת המועצה המדעית