78. תפקידה של המזכירות ליישם את מדיניות הוועד המרכזי והחלטותיו, להציע קווי מדיניות נוספים, לרבות הצעות לשינויים בתקנון הר"י, להוות את הזרוע המבצעת של הר"י, ליזום פעולות שיתרמו להוצאה לפועל של מטרות הר"י ועמדותיה, ולפקח על הוועדות והמוסדות שמונו על-ידה.
79. בין השאר, מוסמכת המזכירות לבצע את הפעולות הבאות:
79.1 קבלת החלטות בנושאי מדיניות, נושאים כלכליים, ארגוניים וכיו"ב;
79.2 אישור הסכמים קיבוציים;
79.3 הכרזה על שביתות ארציות ומקומיות;
79.4 דיונים בנושאים שעל סדר היום של הר"י והמלצות לוועד המרכזי;
79.5 אישור תקציב הר"י;
79.6 החלטות לגבי סניפי הר"י;
79.7 קביעת סל שירותים לאיגודים המדעיים;
79.8 דיווח לוועד המרכזי;
79.9 מינוי ועדת כספים ורווחה;
79.10 מינוי מבקר פנים;
79.11 קיום פגישות עדכון תקופתיות עם יו"ר המועצה המדעית, יו"ר הלשכה לאתיקה ויו"ר מפעל חברות חוץ (מח"ח), אשר ידווחו על פעילותם;
79.12 כל סמכות שלא יוחדה במפורש בתקנון למוסד ממוסדות הר"י.
80. בישיבת הוועד המרכזי הראשונה לאחר הוועידה תיבחר מזכירות, וייקבעו המספר והרכב חבריה. בראש המזכירות יעמדו יו"ר הר"י וסגניו. יו"ר המועצה המדעית ישמש כחבר במזכירות. כמו כן ישמשו כחברים במזכירות שני רופאים גמלאים אשר יומלצו על ידי פורום הגמלאים ויאושרו על ידי הוועד המרכזי ושני נציגי מתמחים. כמשקיפים במזכירות ישמשו יו"ר מח"ח, גזבר הר"י ויו"ר ועדת הכספים. המזכירות תוכל לצרף משקיפים נוספים על-פי החלטתה. יו"ר הלשכה לאתיקה יוזמן להשתתף בקביעות בישיבות המזכירות. ישיבות המזכירות יתקיימו על-פי החלטת יו"ר הר"י, ולא פחות מפעם אחת בחודש.
81. מניין חוקי לקיום ישיבת מזכירות מהווה שליש מהחברים, ובהם היו"ר ו/או ממלא מקומו. במקרה שאין מניין חוקי, תתקיים הישיבה חצי שעה לאחר המועד שנקבע, והיא תהיה חוקית בכל מניין של משתתפים.
82. המזכירות תגדיר את דרכי עבודתה מעת לעת. המזכירות רשאית למנות ועדות ולייפות את כוחן לפעולות מסוימות שבגדר סמכותה.
83. המזכירות תמנה ועדה לענייני הגמלאים. בוועדה יכהנו יו"ר ולפחות ארבעה חברים, אשר ימונו על-ידי המזכירות. מטרותיה של הוועדה הן:
83.1 לקדם את ענייניהם של ציבור הרופאים הגמלאים, לרבות שמירה על זכויותיהם;
83.2 לדאוג לרווחתם הסוציאלית;
83.3 לדאוג לפעילויות חברה ופנאי;
83.4 לסייע במציאת מקורות תעסוקה.
84. במקרה של התפטרות חבר מזכירות או משקיף, או כשנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, יצורף למזכירות חבר אחר, המשתייך לארגון הפרופסיונלי שאליו השתייך החבר שהתפטר ו/או שנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו, על-פי המלצת אותו ארגון ועל-פי החלטת הוועד המרכזי. על יסוד סעיף זה, רשאית המזכירות לראות בחבר מזכירות שאינו ממלא את תפקידו, מכל סיבה שהיא, במשך ארבעה חודשים כמתפטר, ולפעול כלפיו על-פי סעיף זה, ובלבד שבטרם תפעל המזכירות כך, תינתן לו הזדמנות נאותה לטעון את טענותיו.
85. המזכירות תרשום פרוטוקולים של ישיבותיה, ובתחילת כל ישיבה תאשר את פרוטוקול הישיבה הקודמת. הפרוטוקולים של המזכירות יופצו לידיעתם של חבריה ולידיעת כל הנוגעים בדבר, על-פי העניין.