על פי החלטת נשיאות המועצה המדעית מיום 08/01/2001 זכות המתמחה לבחור, בהתאם לסילבוס ההתמחות, את הרוטציות אותן מעוניין/ת לבצע במהלך ההתמחות. המוסד הרפואי אינו יכול להכתיב איזו רוטציה לבחור וכן אינו רשאי להתנות את יציאת המתמחה לרוטציה בתנאים, או לעכב את היציאה לרוטציה.
במידה ואותה רוטציה קיימת בבית חולים שבו מבצע המתמחה את ההתמחות, יש לבצעה שם, אלא אם כן מתקבל אישור מנהל/ת מחלקת האם, לצאת לביצוע הרוטציה בבית חולים אחר.
אם אותה רוטציה אינה קיימת בבית חולים שבו מתבצעת ההתמחות, יש למתמחה זכות לבצעה במוסד אחר.