פנקס ההתמחות מונפק פעם אחת לכל מתמחה, עם תחילת התמחות הבסיס. הבקשה לפתיחת פנקס ההתמחות מוגשת באופן מקוון, ואינה כרוכה בתשלום.
באחריות המתמחה להגיש את הבקשה למועצה עד 60 יום מתחילת ההתמחות.
במידה והמתמחה התחיל/ה תקופת התמחות נוספת או החליפ/ה מוסד או מקצוע התמחות, המועצה המדעית אינה מנפיקה פנקס חדש, אלא מבצעת את העדכון על גבי הפנקס הקיים.