המועצה המדעית של הר"י היא גם הגוף הדן בבקשות של רופאים להכרה בהתמחות ובתואר מומחה שהתקבלו מחוץ לישראל.
רופא/ה בעל/ת תואר מומחה במדינה אחרת, המבקש /תכי המועצה המדעית תדון באפשרות להכיר בתואר מומחה שקיבל/ה, יגיש/תגיש בקשתו/ה למועצה המדעית באמצעות מערכת מקוונת הקיימת בשפה העברית או האנגלית, ויצרף/תצרף את המסמכים הנדרשים המפורטים בהמשך.
לאחר קבלת הבקשה הראשונית, נציג/ת השירות של המועצה המדעית המטפל/ת בבקשה תעמוד/יעמוד בקשר עם הרופא/ה באמצעות המערכת המקוונת בכדי לברר פרטים ולהשלים מסמכים.
שתי ועדות של המועצה המדעית ידונו בבקשה ויקבלו החלטה שתכלול התייחסות לעמידה בבחינות ההתמחות, להשלמת תקופות עבודה בארץ ולקורסים נדרשים:
- ועדה מקצועית הרלוונטית לתחום המומחיות המבוקש
- ועדה ייעודית בנושא בחינת שלב ב'
החלטה רשמית תתקבל בכתב באמצעות המערכת המקוונת באמצעותה הגיש ברופא את בקשתו למועצה המדעית. החלטה זו תקפה למשך 5 שנים. בחלוף תקופה זו, על הרופא /הלהגיש בקשה חדשה לדיונה של המועצה המדעית.
המועצה המדעית ממליצה למשרד הבריאות על הרופאים/ות הראויים/ות לקבל תואר מומחה בישראל, ומשרד הבריאות מנפיק עבור הרופאים/ות את תעודת המומחה.